Когда внезапно кончается свободное место на диске, встает задача поиска виновника произошедшего. Для нахождения файла или каталога, использующих слишком много ресурсов, я обычно использую череду последовательных вызовов
$ sudo du -h --max-depth=1 / | sort -h
$ sudo du -h --max-depth=1 /var | sort -h
и так далее. На последнем шаге скорее всего понадобится помимо размера каталогов показать и размеры файлов в нем:
$ sudo du -ah --max-depth=1 / | sort -h
После удаления файла, если вывод df -h по прежнему показывает, что место на диске занято, посмотрите в какой программе он открыт:
$ sudo lsof +L1
Закройте, или перезапустите найденный сервис, после этого место на диске освободится.